Fernando es socio senior en el Bufete Aguirre, Quintanilla, Soria & Nishizawa. Ha ejercido la profesión por 50 años y en sus áreas de práctica presta servicios principalmente a empresas nacionales e internacionales, organizaciones sin fines de lucro y a personas individuales y grupos familiares. Es asesor legal honorario del Embajador del Reino Unido en Bolivia.
Comenzó su carrera profesional en el año 1968 en el Bufete Aguirre, práctica legal fundada en 1940 por su padre, el Dr. Carlos Aguirre R.
Actualmente es también Presidente del Directorio de EMBOL S.A., empresa embotelladora de Coca Cola en las regiones principales de Bolivia, Vicepresidente del Directorio de INANSA (sociedad de inversiones) y Síndico Titular de Minera San Cristóbal S.A., SILEX S.A. y MEMISA S.A. (filiales de Sumitomo Corporation del Japón).
Ha sido Presidente del Directorio de la Cámara Americana de Comercio de Bolivia, presidiendo actualmente su Comité de Nominaciones, como el expresidente boliviano más antiguo. Ha ejercido los cargos de Ministro Secretario de la Presidencia de la República (gobierno del Dr. Walter Guevara Arce) y de Director externo del Banco Central de Bolivia por algo más de dos años en la década de los noventa. Fue Presidente a nivel mundial del Movimiento Acción Católica Independiente y ejerció también el cargo de Director del Ceprolai (Centro de Promoción del Laicado) del Arzobispado católico paceño. Autor de diversas publicaciones y artículos de varias ramas del derecho. Panelista regular en conferencias internacionales de arbitraje y recursos naturales.
Como asesor de la Asociación Nacional de Mineros Medianos y de la Confederación de Empresarios Privados de Bolivia intervino en las negociaciones o conversaciones para las nuevas Leyes de Inversiones, Minera y de Conciliación y Arbitraje.
Es activo participante en conferencias internacionales de la CCI, RMMLF, PDAC, International Bar Association, American Bar Association, Conferencias Latinoamericanas de Arbitraje, y otras, en varias de las cuales ha realizado presentaciones y participado como panelista, incluyendo la mayoría de la CLA y de la Sociedad Boliviana de Arbitraje.
Fernando fue Catedrático de Derecho Internacional Público en la Academia Diplomática de Bolivia, Catedrático de Introducción al Derecho en la Universidad Católica Boliviana y Catedrático de Medios Alternativos de Resolución de Controversias y Arbitraje. Maestría en Derecho Internacional y Diplomático en la Universidad Católica Boliviana.
Es árbitro registrado en los centros de conciliación y arbitraje de las Cámaras Nacional de Comercio, La Paz, y de Hidrocarburos, así como en el Centro Regional de Arbitraje Internacional de Kuala Lumpur. Fue arbitro registrado en el panel de árbitros de ICSID.